却说晋安帝复辟逾年，追叙讨逆功绩，封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安成郡公。一国三公，恐刘裕未免介介。此外亦各有封赏，不胜枚举。
独殷仲文自负才望，反正后欲入秉朝政，因为权臣所忌，出任东阳太守，心下很是怏怏。
殷仲文年轻时就有才华，容貌俊美。堂兄殷仲堪将他推荐给会稽王司马道子，司马道子随即任用他为骠骑参军，赏赐优待有加。不久改任谘议参军，后来任司马道子的儿子司马元显的征虏长史。
当初在元兴元年（402年），桓玄起兵谋反，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子，殷仲文因此受到怀疑，而被人离间，降职为新安太守。
殷仲文与桓玄虽是亲戚，但平素交往不密切，听说桓玄占据京师建康（今江苏南京），便放弃自己所辖的新安郡，前去投靠桓玄，桓玄非常高兴，任命殷仲文为证议参军。
当时王谧被礼遇而不被亲近，卞范之被亲近而少礼遇，而殷仲文被桓玄宠信并以隆礼相待，兼有给予王谧、卞范之的优待。元兴二年（403年），桓玄将要篡位，命令殷仲文总领诏命，担任侍中，兼任左卫将军。桓玄受九锡之赐，乃是殷仲文写的诏令。
在东晋元兴二年（403年）十二月，桓玄篡位称帝，建康宫的卧床突然下陷，群臣大惊失色。殷仲文说，桓玄是因圣德深厚，大地托载不了。桓玄听后非常高兴。
桓玄以殷仲文为辅佐自己的亲近显贵之人，厚加封赏，车马器用服装，极尽华丽，后房中歌舞伎女加妻妾共有数十人，丝竹之音不绝。殷仲文生性贪吝，收受了许多贿赂，家中积累了千金财产，还常嫌不足。桓玄被刘裕打败，殷仲文随同桓玄西逃，他的珍宝玩物全埋藏在地下。到了巴陵，殷仲文因护送二位皇后投奔义军，而担任镇军长史，又改任尚书。
元兴三年（404年），殷仲文代替桓修担任徐、兖二州刺史。同年五月，桓玄兵败被杀。
义熙元年（405年），晋安帝司马德宗刚刚复位，殷仲文便上表为自己辩解，请求辞职，晋安帝则下诏不许。
义熙三年（407年）二月，殷仲文自认很有才智声望，认为自己应当管理朝政，但始终没有实现自己的志向，所以一直闷闷不乐。后来出京担任东阳太守，就更加不高兴了。
江州刺史何无忌平常就很是敬慕殷仲文的名气。当时东阳是在何无忌的管辖之内，殷仲文答应在顺路时去拜访何无忌，何无忌非常高兴，谨慎恭敬地对待此事。命令府中的文人殷阐、孔宁子等撰写文章，以等待殷仲文的到来。但是，殷仲文因为官场失意，常常神情恍惚，所以才没能过来相见。何无忌认为殷仲文这是瞧不起自己，大为恼怒，想要中伤陷害殷仲文。正好此时，南燕皇帝慕容超进兵侵犯东晋，何无忌便对刘裕说：“桓胤、殷仲文是我们的心腹大患，不可不除，而北方的强盗却不必担心。”
刘裕闻言，心以为然。闰二月，刘裕官府的将军骆冰阴谋制造叛乱，事情被发觉，刘裕把他杀了。于是，他们声称骆冰和殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之、刘延祖等人在暗中互相勾结，打算拥立桓胤为盟主，所以把这些人连同他们的家族，全部杀掉。
司徒兼扬州刺史王谧病殁，资望应由刘裕继任。刘毅等人已是忌惮刘裕，不欲他入朝辅政，于是拟令中领军谢混为扬州刺史。或恐刘裕出来反对，谓不如令刘裕兼领扬州，以内事交付孟昶。
晋安帝司马德宗不能决定建议，特遣尚书右丞皮沈驰往丹徒，以二人商议谘问刘裕。用人必须下问，大权已然旁落了。皮沈先见刘裕记室刘穆之，具述朝议。
刘穆之听后就假装如厕，暗中告诉刘裕不可顺从皮沈带来的两个建议。刘裕与皮沈见面后就召来刘穆之询问原由，刘穆之则说晋朝经历过司马道子乱政及桓玄篡位后，天命已移，刘裕以今天的功勋和地位已经是退不下来的了，而刘毅等人其实并不是心服在刘裕之之下，终会有一番争斗。
刘穆之又表示杨州是根本之地，不可以由他人掌握，若果放弃就必会受制于人，权柄一失亦不可再拿回来，要刘裕以议题重要为由，亲身入朝讨论，以稳取扬州刺史的位置。最终刘裕听从，亦顺利接任扬州刺史、录尚书事一职，掌握了中枢权力。
为刘裕设计，恰是佳妙，但亦如许攸、荀彧之徒。
刘裕极口称善，遂遣归皮沈，托言入朝面决。皮沈回京复命，果然朝廷生畏，立即下诏，征刘裕为侍中扬州刺史，录尚书事。刘裕又佯作谦恭，上表解兖州军事，令诸葛长民镇守丹徒，刘道怜屯戍石头城，又遣将军毛修之，会同益州刺史司马荣期，共同讨伐谯纵。
谯纵乃系益州参军，却擅自杀死刺史毛璩，自称为成都王，蜀中大乱。
晋朝廷简授司马荣期为益州刺史，令其率兵讨伐蜀乱。司马荣期到了白帝城，击败谯纵之弟谯明子，再拟进师，因恐兵力不足，上表奏请缓应。刘裕于是再遣毛修之西往。毛修之入蜀，与司马荣期相会，当令司马荣期先驱，自为后应，进薄成都。
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司马荣期抵达巴州，又为参军杨承祖所杀，杨承祖自称巴州刺史。及毛修之进次宕渠，方始接得司马荣期的死耗，不得已退屯白帝城。时益州故督护冯迁，已升任汉嘉太守，发兵来助毛修之。
毛修之与冯迁合兵，击斩杨承祖，拟乘胜再进。不意朝廷新命鲍陋为益州刺史，驰诣军前，与毛修之会议未协。毛修之据实奏闻，刘裕乃上表推举刘敬宣为襄城太守，令率兵五千人讨伐蜀地之乱，并命荆州刺史刘道规为征蜀都督，调度军事。（刘道规乃是刘裕异母弟）
谯纵听闻晋军大至，连忙向后秦称臣，乞请援师抗拒晋朝廷。后秦之主姚兴遣部将姚赏等人援助谯纵，会同谯纵之党谯道福，择险地而驻守。
刘敬宣转战而前，至黄虎岭，距城约五百里，岭路险绝。再经秦、蜀二军坚壁守御，敬宣屡攻不入，相持至六十余日，粮食已尽，饥疲交并，没奈何引军退还，死亡过半。
刘敬宣坐是落职，刘道规亦降号建威将军。刘裕以刘敬宣失利，奏请保荐失人，自愿削职。无非做作。有诏降刘裕为中军将军，守官如故。
刘裕拟自往讨伐蜀乱，忽然听闻南燕入寇，大掠淮北，于是决计先伐南燕，再平西蜀。
南燕君主慕容德，乃是前燕主慕容皝之孙，慕容纳之子，后燕主慕容垂之季弟。慕容皝建都龙城，传三世而亡，慕容垂建都于中山，传四世而亡。独慕容德为范阳王收集两燕遗众，南徙滑台，东略晋青州地，取广固城，据作都邑。初称燕王，后称燕帝，改名备德，史家称为南燕。
慕容德僭位七年，殁后无嗣，立兄长之子慕容超为嗣。慕容超宠私人公孙五楼，猜忌亲族，屡加诛戮，且遣部将慕容兴宗、斛谷提、公孙归等，率骑兵入寇宿豫，掳去男女数千人，令充伶伎。嗣而又大掠淮北，执住阳平太守刘千载，及济南太守赵元，驱略至千余家。刘裕令刘道怜出戍淮阴，严加防堵，一面抗表北伐，即拟启行。
朝臣因西南未平，拟从缓图。惟左仆射孟昶、车骑司马谢裕、参军臧熹，赞同刘裕建议，乃诏令刘裕调将出师。
刘裕使孟昶监中军留府事，调集水军出发，泝淮入泗，行军抵达下邳，留下船舰辎重，但麾众登岸，步进琅琊。所过皆筑城置守，诸将或生异议，叩马谏阻道：“燕人闻我军远至，谅不敢战，但若据大岘山，刈粟清野，使我无从觅食，进退两难，如何是好！”
刘裕微笑道：“诸君休怕！我已预先料透，鲜卑贪婪，不知远计，进利掳掠，退惜禾苗，他道我孤军深入，必难久持，不过进据临朐，退守广固罢了，我一入岘，人知必死，何虑不克！我为诸君预约，但教努力向前，此行定可灭虏呢。”
所谓知彼知己。乃督兵亟进，日夕不息。果然南燕主慕容超，不听公孙五楼等计议，断据大岘，惟修城隍，简车徒，静待一战。
及刘裕已然经过岘，尚不见有燕兵，不禁举手指天道：“我军幸得天佑，得过此险，因粮破虏，在此一举了！”
时慕容超已授公孙五楼为征虏将军，令与辅国将军贺赖卢，左将军段晖等，率步骑五万人，出屯临朐。至闻晋军入岘山，复自督步骑四万，出来援应。
临朐南有巨蔑水，离城四十里，慕容超使公孙五楼，领兵前往据守。五楼甫至水滨，晋朝的龙骧将军孟龙符，已经率步兵来争，势甚锐猛。五楼抵抗敌军不住，向后退去。
晋军有车四千辆，分为左右两翼，方轨徐进，直达临朐，距城尚约十里，慕容超已悉众前来。两下相逢，立即恶斗，杀得山川并震，天日无光。转眼间夕阳西下，尚是旗鼓相当，不分胜负。
参军胡藩对刘裕说道：“燕兵齐来接仗，城中必虚，何不从间道出兵，往袭彼城？这就是韩信破赵的奇计呢。”
刘裕连声称善，即遣胡藩及谘议将军檀韶，建威将军向弥，率领士兵数千人，绕出燕兵后面，前往袭击临朐城。城内只留老弱居守，惟城南有一营垒，乃是段晖驻守着，其手下兵不过千名。
向弥擐甲先驱，径抵城下，大呼道：“我等率雄师十万，从海道来此，守城兵吏，如不怕死，尽管来战，否则速降，毋污我刃！”
这话说出，吓得城内城外的燕兵，不敢出头。向弥即架起云梯，执旗先登，刘藩、檀韶等，麾军齐上，即陷入临朐城。
段晖飞书传报给慕容超军情，燕王慕容超大吃一惊，单骑驰还。燕兵失了主子，当然溃退，被刘裕纵兵奋击，追杀至城下。乘胜踹段晖军营，段晖慌忙拦阻，措手不及，也为晋军所杀。
慕容超策马飞奔，马蹶下坠，险些儿被晋军追着，亏得公孙五楼等，替他易马授辔，仓皇走脱。所有乘马伪辇，玉玺豹尾等件，尽行弃去，由晋军沿途拾取，送入京师。
慕容超逃回广固，未及整顿军队，那晋军已经追到，突入外城。慕容超与公孙五楼等人，连忙进入内城把守。
刘裕猛扑不下，于是筑起长围，为久攻之计，垒高三丈，穿堑三重，抚纳降附，采拔贤俊，华夷大悦。
慕容超派遣尚书郎张纲，缒城夜出，到跑后秦求援。而秦主姚兴，正方才遇有胡夏大军对抗之患，胡夏之主赫连勃勃攻打后秦，故后秦王姚兴无暇分兵去救燕，但是佯装答允发兵，遣张纲先行返回禀报。
张纲还过泰山，被太守中宣擒住，送入刘裕军营。刘裕抓捕得张纲，甚感大喜，亲自为他释缚（松绑），赐酒压惊。张纲感念刘裕不杀款待之恩，于是情愿归降。
先是刘裕治办攻具（攻打敌军的工具用品），城上的守人曾揶揄道：“汝等虽有功具，怎能及我尚书郎张纲？”
及张纲既而投降于刘裕麾下，刘裕令张纲登楼车，呼语告于守卒，谓秦人不遑来援。守卒闻言大惧，慕容超亦惊惶得很，于是遣使者至刘裕军营中请和，愿割大岘山为界，向晋朝廷称藩。
刘裕斥还来使，慕容超穷急无法，只得再命尚书令韩范，向后秦乞师。秦主姚兴遣使人告诉刘裕，请速退兵，且言有铁骑十万，进屯洛阳，将要涉淮攻打晋朝。
刘裕怒答道：“汝去传语姚兴，我平定青州，将入函谷，姚兴自愿送死，便可速来！”妙极。
后秦使者自行回去，录事参军刘穆之入谏道：“公语不足畏敌，反致怒敌，若广固未下，羌寇掩至，敢问公将如何对待呢？”
刘裕闻言，笑道：“这是兵机，非卿所解；试想羌人若能救燕，方且潜师前来，攻我无备，何致先遣使命，使我预防？这明是虚声吓人，不足为虑！”一语道破，刘裕固可号智囊。刘穆之亦领悟而退。
刘裕即令张纲制造攻敌之工具，备极巧妙，设飞楼，悬梯木，幔板屋，覆以牛皮，城上矢石，毫无所用。眼见得城内孤危，形势岌岌。
韩范自后秦东归，见围城益急，竟而至刘裕营投诚，刘裕表韩范为散骑常侍，并令范至城下，招降守将。城中人情离沮，陆续逾城出降。
慕容超尚坚守两三月，且遣公孙五楼潜掘地道，出击晋兵。
晋营守御极严，无懈可击，于是阖城大困。
刘裕知城中穷蹙，于是誓众猛攻。是日适为往亡日，不利行师，刘裕奋然道：“我往彼亡，有何不利？”足破世人述梦。遂遍设攻敌器具，四面攻扑。
南燕尚书悦寿，料知不能支持，即而打开城门迎纳晋朝军队。燕王慕容超即率左右数十骑，惶遽越城，逃窜里许，被晋军追到，捉得一个不留，牵回城中。
刘裕升帐，责备慕容超抗命不降的罪状，慕容超神色自若，一无所言。
刘裕屠杀南燕王公以下三千人，没入家口万余，把慕容超囚解进京，自请移镇下邳，进图关洛。
刘裕在击灭南燕的作战中，最高明的战略指导是善于从敌我双方政治、经济、自然地理等诸多方面权衡优劣，做出相应的作战决策。比如刘裕从分析燕人“不知远计，近利掠获”的心理状态中，定下了越大岘险山、直冲燕军京师的战略；针对燕军骑兵众多、机动和突击力强，长于平原作战的特点，采取以车战为主，配合以步、骑兵制胜的方针。既以车阵阻挡了骑兵的冲击锋锐，又发挥了车兵、步兵以弓箭矢石与长矛杀伤敌人的威力。使车战这种已从战国之后很少再成为战场的主要作战形式，又于特定的环境中，重新显示了它的异彩，体现了古代兵法“兵无常形、水无常势”的用兵法则。在深入燕境之后，刘裕便采取了以军事打击为主与政治上分化瓦解相结合的方针。他一方面安抚百姓；一方面招降燕军官吏，使南燕的一些重要大臣、将吏不断投向晋军，每日归附的百姓也多达千人以上。这使燕军的士气受到严重的打击，军无斗志，人心思降，终于使自称拥有“铁骑万乘”的南燕君主慕容超，成了坐困孤城束手待毙的孤家寡人。
慕容超愚笨无能，缺乏应有的战略远见，也是促成晋军获胜难得的客观因素。南燕并非没有谋臣战将，像征虏将军公孙五楼、桂林王慕容镇、将军贺赖卢等都曾极力向燕主慕容超提出过颇为高明的战略决策，但均被慕容超弃之不用。若南燕能够按照公孙五楼提出的扼守大岘，阻敌深入，精骑沿海南下，切断晋军粮道，再以骑兵两面夹击的作战方针行动，那么东晋能否如此顺利地击灭南燕，无疑又当别论。由此看来，从相对意义上讲，慕容超弃险不守，纵敌入岘，固守京城广固，将腹心要害地区拱于让于晋军错误的作战指导，几乎成了南燕战败偶发的决定性因素。
话回正题，刘裕剿灭南燕，押解燕王慕容超入京，晋朝廷下令诛杀了慕容超，加刘裕兼青、冀二州刺史，拟许便宜行事。时，晋安帝义熙六年（410年）二月。
不久，却不料卢循攻陷长沙，徐道覆陷南康、庐陵、豫章，顺流而下，将袭晋都，江东大震，急得晋廷君臣，不知所措，只好飞书召传刘裕，率领军队还援。盈廷只靠一人，怪不得晋祚垂尽。
原来当初，元兴元年（402年）三月，孙恩兵败自杀，孙恩的残余部众数千人推举卢循为首领。
当时，太尉桓玄打算用安抚的手段使东部地区的局势稳定下来，于是，任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命，但是却依然为非作歹，行劫施暴。
同年五月，卢循从临海进犯东阳，桓玄派遣抚军中兵参军刘裕带兵进攻卢循。卢循失败，逃往永嘉。
元兴二年(公元403年)正月，卢循派他的姐夫司马徐道覆进犯东阳。二月，建武将军刘裕率军击败徐道覆。9
八月，刘裕在永嘉打败卢循，乘胜追击卢循到晋安（地区），再次将他打败。卢循形势窘迫，于是渡海向南逃走。
九月，卢循攻打广州南海郡的治所番禺（今广东省广州市），广州刺史吴隐之率军固守抵抗。十月，卢循夜袭攻陷番禺，抓获吴隐之，将城中府舍、民居焚烧殆尽。卢循于是自称平南将军，自己主持广州事务。
卢循下令聚集焚烧数万死者遗骨，共同安葬在洲上；并派徐道覆攻打始兴，抓获始兴相阮腆之。
到了义熙元年（405年）四月，卢循派遣使节前往东晋都城建康（今江苏省南京市）进献贡品。当时东晋朝廷刚刚诛灭桓氏，内外多事，没有时间前往征讨卢循。四月二十一日，朝廷任命卢循为征虏将军、广州刺史、平越中郎将。徐道覆为始兴相，权示羁縻。
卢循赠送给刘裕益智粽（一种粽子），刘裕回赠给他续命汤。
续命汤，乃是中医方剂名。出自《外台秘要》卷十五引《深师方》。具有调和六腑，安五脏之功效。主治大风，风邪入心，或心痛彻背，背痛彻心，去来上下，惊恐，小腹胀满微痛，乍寒乍热，心中闷状如微温，进退无常，面赤，或白或黄。
卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞游说卢循道：“王诞我本来不是军旅出身，留在这里也没什么用处。我一向被刘镇军厚爱，如果能够回到北方去的话，一定会得到他的委派重用，这样，不管是为公为私，遇到机会，我一定要报答您的厚恩。”
卢循认为他说得很对。这时刘裕写给卢循一封信，让他派吴隐之回去，卢循没有听从。王诞又对卢循说：“将军这次扣留吴公，对公对私都不是好计策。孙策岂能不想扣留华歆？只是因为一个地方容不下两个君长罢了。”于是，卢循派吴隐之与王诞一起回去。
及义熙六年（410年），刘裕带兵北伐南燕，徐道覆得知后，便派人劝说卢循乘东晋空虚之机袭击建康，卢循没有听从。
徐道覆亲自来到番禺，向卢循游说道：“我们住在这五岭以南的地区，难道你还以为是因为理该如此，并且可以把它传给子孙吗？我们正是因为刘裕力量强大，很难跟他为敌才这样的。刘裕的大军集结在坚固的城池之下，什么时候回来还说不定，我们用手下这些希望回到故乡的敢于拼命的士兵，突然进攻何无忌、刘毅这些小辈，不过就像把手掌翻过来而已。不趁这个时机起事，而只是追求一天的平安，朝廷却一直把您当做心腹大患。如果刘裕平定三齐地区之后，让军队休息一二年，再先用诏书征召您进京，随后刘裕亲自在豫章屯兵，派遣几个将领率领部队翻过五岭，即使将军再神机勇武，恐怕也不一定能抵挡。这个机会，是万万不可错过的。如果我们抢先攻克建康，把他们的根基全部摧毁，刘裕即使回来，也没有什么办法。您如果不同意，我就要率领始兴的兵众直接进攻寻阳。”
卢循非常不愿意起事，但却没有说服徐道覆的办法，因此，只好同意他的意见。
当初，徐道覆暗地准备制造船只，便派人到南康山砍伐可以制造船只的木材，谎称要到下游城中贩卖。后来，徐道覆说劳力少无法运到下游，便在始兴廉价出售，价格比市面上低好几倍，居民们贪图便宜，卖掉衣物而争相购买木材。赣江水流急而且多石，出船很难，木材都储存在当地。因而这样许多回，百姓的船板积存得极多，百姓却没有任何怀疑。徐道覆举事起兵后，根据卖木材的收据一一索取，不准隐藏不报，雇用许多人拼装战船，十多天便完成。到了卢循从始兴出发进犯长沙，徐道覆进犯南康、庐陵、豫章诸郡，这些地方的官员都放弃职守逃跑。
卢循攻打长沙，一鼓即下，道覆且连连攻陷南康、庐陵、豫章诸郡，沿江东趋，舟楫甚盛。江荆都督何无忌，自寻阳引兵拒贼，与道覆交战豫章。道覆令弓弩手数百名，登西岸小山，顺风迭射，何无忌急忙命船内水军，用藤牌遮护。偏偏是西风暴急，战船停留不住，竟而由西岸飘至东岸，贼众乘势驰击，用着艨艟大舰，进逼何无忌坐船，何无忌麾下，顿时骇散，何无忌厉声语左右道：“取我苏武节来！”
至节已取至，何无忌持节督战，风狂舟破，贼势四蹙。可怜的何无忌身受重伤，握节而死！何无忌亦一时名将，可惜死于小贼之手。
这个时候，刘裕已然奉召来到下邳，用船载运辎重，亲自率领精锐部队步归。道出山阳，接得何无忌的凶耗，恐京邑失守，急忙卷甲疾趋，引数十骑至淮上。遇着朝使敦促，便探问消息。
朝使说道：“贼尚未至，但教公速还都，便可无忧。”
刘裕闻言，心下甚喜。驰至江滨，正值风急浪腾，大众俱有难色，刘裕慨然道：“天命助我，风当自息，否则不过一死，覆溺何害！”遂麾众登舟，舟移风止。过江至京口，江左居民，望见旗麾，统是额手欢呼，差不多似久旱逢甘，非常欣慰。晋朝运祚潜移，于此可见。
越二日即入都陛见，具陈防御敌寇规划，晋朝廷有恃无恐，诏令京师解严。豫州都督刘毅，自告奋勇，愿率部军南征。
刘裕方整治舟械，预备出师。既得刘毅表，令刘毅从弟刘藩，赍书回复刘毅，略言贼新获利，锋不可当，今修船垂毕，愿与老弟会师江上，相机破贼云云。
刘藩来到姑熟，将书信交给刘毅，刘毅阅书未终，已有怒色，瞋目而看向藩道：“前次举义平逆，不过因刘裕发起，权时推重，汝便谓我真不及刘裕么？”
说着，把来书掷弃地上，立集舟师二万，从姑熟出发。是谓忿兵。急驶至桑落洲，正值卢循、徐道覆两贼，顺流鼓檝，舣舰前来，船头甚是高锐，突然攻入刘毅水师队中。
刘毅船舰低脆，偶尔与贼舰相撞，无不碎损，没奈何奔避两旁，舟队一散，全军立刻涣散。两贼渠指挥徒众，东隳西突，害得刘毅军队逃避不遑，或与舟俱沉，或全船被掳。刘毅无法支撑，只好带着数百人，弃船登岸，狼狈遁走。
所有辎重粮械，一股脑儿抛置江心，被贼军掠去。刘毅试自问，果是能力可及刘裕？
这败报传达都中，上下震惧，刘裕急忙招募居民为兵，修治石头城，为控御计。时北师初还，疮痍未复，京邑战士，不满数千，诸葛长民、刘道怜等人，虽然皆闻风入卫，但也是部曲寥寥，数不盈万。
那卢循、徐道覆二贼，杀毙何无忌，打败刘毅，连破江、豫二镇，有众十余万，舟车百里不绝，楼船高至十二丈，横行江中。他心目中只畏一刘裕，听闻刘裕还军建业，未免感到惊心。卢循欲退还寻阳，转而攻打江陵，独徐道覆谓宜乘胜进取。两人议论数日，方从徐道覆之言，联樯东下。
警报与雪片相似，飞达都中，还有败军逃还，亦统称贼势甚盛，不应轻敌。孟昶、诸葛长民，提倡建议避寇，欲奉乘舆过江，独刘裕不许。
参军王仲德进言刘裕，道：“明公新建大功，威震**，今妖贼乘虚入寇，骤闻公还，必当惊溃；若先自逃去，势同匹夫，何能号召将士？公若误徇时议，仆不忍随公，请从此辞！”
刘裕亟慰谕道：“南山可改，此志不移，愿君勿疑！”
孟昶尚固请不已，刘裕勃然而怒，道：“今日何日，尚可轻举妄动么？试想重镇外倾，强寇内逼，一或迁徙，全体瓦解，江北亦岂可得至？就使得至江北，亦不过苟延时日罢了，今兵士虽少，尚足一战，战若得胜，臣主同休，万一挫败，我当横尸庙门，以身殉国，断不甘窜伏草间，偷生苟活呢。我计已决，君勿复言！”
据刘裕此言，几似忠贯天日，可惜此后不符。孟昶尚涕泣陈词，自愿先死，惹得刘裕性起，厉声呵叱道：“汝且看我一战，再死未迟！”
孟昶惘惘归第，手提笔自草表道：“臣裕北讨，众议不同，唯臣赞成裕计，令强贼乘虚进逼，危及社稷，臣自知死罪，谨引咎以谢天下。”表既封就，然后服毒药自尽。你说呆是不呆？战争还没最后结果，就建议晋安帝进入江北避乱，没有得到采纳，就服毒自尽？
没多久，听闻卢循已经来到淮口，内外戒严，琅琊王司马德文督守宫城，刘裕自出屯石头，使谘议参军刘粹，引第三子刘义隆，往戍京口。刘义隆年仅四龄，刘裕只是借此鼓励军士，表示毁家纾难的意思，且召集诸将，预揣贼势道：“贼若由新亭直进，不易抵御，只好暂时回避，将来胜负，尚未可料，倘或回泊西岸，贼锋已靡，便容易成擒了。”遂常登城西望。起初尚未见敌寇之踪，但觉烟波一碧，山水同青。
俄而鼓声到耳，远远有敌船出没，引向新亭，刘裕不由的旁顾左右，略露忧容。嗣见敌船回泊蔡洲，乃变忧为喜，道：“果不出我所料。贼党虽盛，无能为了。”
原来徐道覆既入淮口，本拟由新亭进兵，焚舟直上。独独卢循生性多疑而少有果决，欲出万全，所以徘徊江中，既东复西。
徐道覆于是叹息道：“我终将被卢公耽误，事情一定不会成功。如果我能有幸为一位英雄卖命奔波的话，取建康如反掌明。”一面说，一面拔椗西驶。
自卢循、徐道覆等回泊蔡洲，刘裕得从容布置，抓住机会，修治越城（今江苏江宁县南），并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分命诸将屯兵戍守。
廷尉宦寺所居，因以为名。三垒，以固西鄙，饬令冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘默屯建阳门外。又使宁朔将军索邈，仿鲜卑人的骑装，用突骑千余匹，外蒙虎斑文锦，光成五色，人马均披甲，自淮北至新亭，步骑相望，壁垒一新。
（人马皆披铁铠，战马披虎斑纹的涂装，增强威慑力与防护能力）
有诗咏道：
从容坐镇石头城，匕鬯安然得免惊。
可笑怯夫徒慕义，仓皇仰药断残生。
欲知卢循、徐道覆二贼，进退如何，且待下回分解。