却说晋安帝司马德宗面加奖赏刘裕，仍然申请之前诏命，授刘裕为太傅扬州牧，加羽葆鼓吹二十人。
而刘裕只领受羽葆鼓吹，其余之赏仍然固辞。还要作伪？于是晋安帝司马德宗另外加封刘裕的次子刘义真为桂阳县公。一门炟赫，父子同荣，不消细说。
是时，始平声公司马休之子司马文思，入继谯王，《宋书》中则谓系司马休之兄子（兄长之子）。司马文思性情暴悍，滥结党徒，素来为刘裕所嫉恨鄙视。司马文思又捶杀都中小吏，由有司向朝廷上奏章弹劾，有诏诛杀司马文思党羽，贷司马文思死罪。
司马休之在江陵闻悉，奉表谢罪。刘裕饬令将司马文思执拿送往江陵，令司马休之自加处治。
司马休之但上表废司马文思，并寄以刘裕书信，陈谢中寓，讥讽之意。刘裕由是不悦，使江州刺史孟怀玉，兼督豫州六郡，监制司马休之。
越年，义熙十一年（415）正月，刘裕又收司马休之次子司马文质，其从子司马文祖（兄长之子），立皆赐死。自领荆州刺史，出发讨伐司马休之。留弟中军将军刘道怜，掌管府事，刘穆之为副。事无大小，皆取决于刘穆之。遂率领大军出都，泝江直上。
辛巳日，太尉刘裕从建康出发。雍州刺史鲁宗之自疑不为太尉刘裕所容，与其子竟陵太守鲁轨起兵响应司马休之。
二月，司马休之上表罪状刘裕，整兵布阵准备拒敌。又派出使者兵分两路火速前往后秦、北魏乞援兵。后秦接见来使后，同意了出兵并派征虏将军姚成王及司马国璠引兵前去援助，北魏则遣长孙嵩领兵前往，并联合雍州刺史鲁宗之，及鲁宗之子竟陵太守鲁轨，抵御刘裕军队。
与此同时，刘裕为了招揽司马休之的治中韩延之，派人秘密给他送去一纸劝降书，信中说：“文思事意，远近所知。去秋遣康之送还司马君者，推至公之极也。而了无愧心，久绝表疏，此是天地所不容。吾受命西征，止其父子而已。彼土侨旧，为之驱逼，一无所问。往年郗僧施、谢劭、任集之等交构积岁，专为刘毅规谋，所以至此。今卿诸人一时逼迫，本无纤衅。吾虚怀期物，自有由来，今在近路，是诸贤济身之日。若大军相临，交锋接刃，兰艾杂揉，或恐不分。故白此意，并可示同怀诸人。”
韩延之言辞决绝，回信中斥责刘裕“甘言诧方伯，袭之以轻兵”“良可耻”，刘裕看到该信，很是慨叹。
于是刘裕使参军檀道济、朱超石，率步骑出襄阳，又檄江夏太守刘虔之，聚粮以待。
檀道济等未曾得粮，刘虔之已经被鲁轨攻击而死。刘裕再使女夫振威将军徐逵之，偕参军蒯恩、王允之、沈渊子等，出发到江夏口，与鲁轨对垒。
鲁轨使用埋伏计，诱导攻击徐逵之，徐逵之遇埋伏而阵亡。王允之和沈渊子赴往援助，亦皆战死。独独蒯恩却持重不动，全军退还。
刘裕闻报大怒，自率诸将渡江。鲁轨与司马文思，统领士兵四万人，夹江为守，列阵峭岸。岸高数丈，刘裕军队莫敢上登，彼此相觑。
刘裕怒不可遏，自披甲胄，突前作跳跃状。诸将苦谏不从，主簿谢晦将刘裕掖住，气得刘裕头筋暴涨，瞋目扬须，拔剑指着谢晦道：“汝再阻我，我将杀汝！”想是为女婿被杀，因而导致如此。
谢晦从容说道：“天下可无晦，不可无公！”必欲留他篡晋耶！
刘裕尚欲上跃，将军胡藩，亟用刀头凿穿岸土，可容足指，蹑迹而上。随士兵亦稍稍登岸，直前力战，鲁轨兵众少却。
刘裕麾军登上陆地，用着大刀阔斧，奋杀过去，鲁轨与司马文思，立即败溃。一走一追，直抵江陵城下。
司马休之与鲁宗之、韩延之等人，弃城皆走，独鲁轨退保石城。
刘裕令阆中侯赵伦之，参军沈林子攻打鲁轨，另外派内史王镇恶，领舟师追司马休之等。
司马休之听闻石城被攻，拟与宗之收军往援，哪知到了中途，遇轨狼狈奔来，报称石城被陷，于是相偕奔往襄阳。偏偏襄阳参军，闭门不纳，司马休之等人无可如何，俱西奔后秦。
是时，司马道赐为司马休之亲属，与裨将王猛子秘密谋划刺死青冀二州刺史刘敬宣，响应司马休之。刘敬宣府吏，即时起兵攻打司马道赐，把他击毙，连王猛子亦砍作肉泥。青、冀二州，仍然平定。
刘裕奏凯班师，朝廷下诏仍然加封刘裕为太傅扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。
刘裕仍然固辞太傅州牧之位，余暂受命。晋朝廷嗣又加刘裕领平北将军，都督南秦，凡二十二州，没多久且晋封中外大都督。刘裕长子刘义符为兖州刺史，兼豫章公，三子刘义隆为北彭城县公，其弟刘道怜为荆州刺史。
刘裕因后秦屡纳逋逃，决意声讨。后秦自姚苌僭位，传子姚兴，灭前秦，降后凉，在位二十二年，颇号强盛。姚兴死，而其长子姚泓嗣位，骨肉相争，关中扰乱。
刘裕乘机西征，加领征西将军，兼司、豫二州刺史，长子刘义符为中军将军，监留府事。刘穆之为左仆射，领监军中军二府军司，入居东府，总摄内外。司马徐羡之为副。左将军朱龄石守卫殿省。徐州刺史刘怀慎守卫京师。
刘裕将要启行，分诸军为数，说道：龙骧将军王镇恶，冠军将军檀道济，自淮淝向许洛；新野太守朱超石，宁朔将军胡藩趋阳城；振武将军沈田子，建威将军傅弘之趋武关；建武将军沈林子，彭城内史刘遵考，率水军出石门，自汴达河。又命冀州刺史王仲德为征虏将军，督领前锋，开巨野入河。
刘穆之对王镇恶说道：“刘公委卿伐秦，卿宜勉力，毋负所委！”
王镇恶说道：“我不克关中，誓不复济江！”当下各队出都，依次西进。刘裕在后督军，亦即出发，浩浩荡荡，行达彭城。
王镇恶和檀道济驰入后秦地境，所向皆是捷报。秦将王苟生、举漆邱城降王镇恶，刺史姚掌，举项城投降檀道济。诸屯守俱望风款附，惟独新蔡太守董遵守城不下。檀道济一鼓入城，将董遵擒住，立刻命人将其斩首。
然后进克许昌，又捉获秦颍川太守姚垣，及大将杨业。
沈林子自汴入河，襄邑人董神虎过来投降，沈林子进拔仓垣，收降秦刺史韦华。董神虎擅自返回襄邑，为沈林子所杀。
王仲德水军渡河，道过滑台，滑台为北魏的属地，守吏尉建庸懦，还道是晋军来攻，即而弃城往北遁走。
王仲德入滑台，宣言道：“我军已预备布帛七万匹，假道北魏，不意北魏守将，弃城遽去，我所以入城安民，大众不必惊惶，我将自退。”
魏主拓拔嗣接得军报，立刻命令部将叔孙建、公孙表等，自河内向枋头，引兵济河。途中遇到尉建还奔，将他捆缚至滑台城下，投尸河中，仰呼城上晋兵，问他何故侵轶？
王仲德使人答语道：“刘太尉遣王征虏将军，自河入洛，清扫山陵，并未敢侵掠魏境，魏守将自弃滑台，剩得一座空城，王征虏借城息兵，秋毫无犯，不日即当西去，晋魏和好，始终守约，幸勿误会！”
叔孙建也无词可驳，遣人飞书传报给魏主。魏主拓拔嗣又令叔孙建致书于刘裕，刘裕婉辞致复道：“洛阳为我朝旧都，山陵俱在，今为西羌所据，几至陵寝成墟。且我朝罪犯，均由羌人收纳，使为我患。我朝因发兵西讨。欲向贵国假道，想贵国好恶从同，断不致有违言。滑台一军，自当令彼西引，愿贵国勿忧！”远交近攻，却是要着。
魏主拓拔嗣乃令叔孙建等按兵不动，俟得王仲德退去，然后收复滑台。
晋将军檀道济领兵前驱，连连攻下秦阳、荣阳二城，直接抵达成皋。秦征南将军陈留公姚洸屯驻洛阳，忙向关中求救。后秦君主姚泓派遣武卫将军姚益男，越骑校尉阎生，合兵万三千人，前往援助洛阳。又令并州牧姚懿，南屯陕津，遥作声援。
姚益男等尚未到洛，晋军已降服成皋，进攻柏谷。秦将军赵玄，在洸麾下，先劝姚洸据险固守，静待援兵。偏司马姚禹，暗向晋军输款，催促姚洸发兵出战。姚洸即派遣赵玄率领士兵千余人，南出柏谷坞，迎击晋军。
赵玄泣语对姚洸说道：“赵玄受三主重恩，有死无二，但明公误信谗言，必致后悔！”
说毕，麾旗趋出，与行军司马蹇鉴，驰往柏谷，兜头遇着晋龙骧司马毛德祖，带兵前来，两下不及答话，便即交战，自午时战斗到未 时，杀伤相当，未分胜负。
那晋军是越来越多，赵玄的士兵却说越斗越少，再战了好多时，赵玄身中十余创，力不能支，呕血无数，据地大呼。司马蹇鉴抱玄泣下，赵玄凄声道：“我创已重，自知必死，君宜速去！”
司马骞鉴泣答道：“将军不济，鉴将何往？”赵玄再呼一声，便就毙命。
司马骞鉴拔刀死战，格毙了晋军数人，亦然自刎而亡。为主捐躯，不失为忠。毛德祖杀尽赵玄的士兵，直接捣破洛阳。檀道济亦来到，进行四面围攻。
洛阳司马姚禹，即逾城出来投降。姚洸无法可施，也只好举城奉献，作为贽仪，檀道济俘得秦兵四千余名，或劝檀道济悉数把那些士兵坑毙，作为京观（示众），檀道济道：“伐罪吊民，正在今日，何用多杀哩！”因而皆使被俘虏的士兵释缚遣归，秦人因此大悦，相率趋向附从。
秦将军姚益男、阎生等听闻洛阳已被攻陷，不敢进兵，于是退还关中。
后秦朝廷惶急得很，偏偏并州牧姚懿，到了陕津，听了司马孙畅的计议，反向攻打长安。秦主姚泓急忙下令东平公姚绍等，前往攻击姚懿，姚懿禀告败而被擒，司马孙畅亦遭伏诛。既而征北将军齐公姚恢，又复自称大都督，托言入清君侧，进关西向。
秦主姚泓又飞书召传姚绍等攻击姚恢，姚恢亦是败死。听说！这姚懿为秦主姚泓的母弟，姚恢乃是秦主姚泓诸父，本来休戚相关的至亲，乃国危不救，反且倒戈内逼，试想姚氏至此，阋墙构变，不顾外侮，还能保全国家么？当头棒喝。姚恢、姚懿等人虽然伏法，但是后秦士兵已经伤亡了一半。
晋太尉刘裕且引水军发彭城，留三子彭城公义隆居守，兼掌徐、兖、青、冀四州军事，自督大兵西进。
王镇恶进入渑池，趋潼关，檀道济、沈林子，自陕北渡河，进攻蒲阪。秦东平公姚绍，升任鲁公，进官太宰，督武卫将军姚鸾等，率步骑五万援潼关，别遣副将姚驴救蒲阪，檀道济、沈林子，攻打蒲阪而不克，沈林子对檀道济说道：“蒲阪城坚兵众，未易猝拔，不若往会镇恶，并力攻潼关，潼关得手，蒲阪可不战自下了。”
檀道济依言，移行军队前往潼关，与王镇恶会师合攻。姚绍开关出来接战，由檀道济、沈林子等奋力攻击，大破姚绍士兵，斩获敌人千数。姚绍退屯定城，据险固守，令姚鸾屯兵大路，堵截晋军的粮道。
晋朝沈林子夜晚时候，率领精锐士卒，突然攻入姚鸾军营，姚鸾措手不及，竟为所杀。姚鸾其余众数千人，立时扫尽。
姚绍又派遣东平公姚赞出师河上，断晋军的水道，复被沈林子击败，奔还定城。
后秦士兵疲累而败，急得秦主姚泓不知如何是好，连忙派遣人向北魏乞援。姚泓有女弟西平公主，曾适北魏为夫人。北魏主拓拔嗣，正欲发兵，可巧刘裕泝河西上，亦有假道（借道）书传入朝廷，累得北魏主拓拔嗣左右两难，不得不集众会议。左右齐声道：“潼关号称天险，刘裕用水军攻关，必难得志，若登岸北侵，便较容易。况裕虽声言伐秦，志不可测，今日攻秦，安知他日不来攻我，我与秦固为婚媾国，更当相救，宜发兵断河上流，勿使得西。”
博士祭酒崔浩，独独抗言道，“不可不可！刘裕早蓄志图秦，今姚兴已死，子泓懦弱，国内多难，势已岌岌，裕大举入秦，志在必克。我若遏他上流，裕心忿戾，必上岸北侵，是我转代秦受敌呢！为今日计，不若假裕水道，听裕西上，然后用兵塞住东路。裕若克捷，必感我假道，断不与我为仇，否则我亦有救秦美名，这才是一举两得的上策，况且南北异俗，就使我国家弃去恒山以南，俾裕占据，裕亦不能驱吴、越士卒，与我争河北地，可见是不足为患哩！”
魏主拓拔嗣始终以为疑，且因左右啧有烦言，夫人拓拔氏亦在内吁请，乃派遣司徒长孙嵩督领山东诸军事，率同将军娥清，刺史阿薄干屯河北岸。遇有晋军船被风漂流，由南至北，辄加杀掠。
刘裕派遣士兵前往攻击，魏军入了即去，及晋兵退还，魏人又来。刘裕因遣亲军队长丁旿，率领勇士七百人，坚车百乘，渡往北岸。上岸百余步，列车为阵，每车内置勇士七人，总竖一帜，用旄为饰，叫作白捽。魏人莫明其妙，只眼睁睁的望着，忽见白捽高举，由晋将军朱超石，领着二千人过来，赍了连臂弓百张，分登车上，一车增二十人。魏都督长孙嵩，恐晋军进逼，乃用先发制人的计策，麾众三万骑，来攻车阵。
晋军发矢迭射，伤毙魏兵不少。但是魏兵抵死不退，四面猛扑，血肉齐飞。突然看见晋军取出两般兵器，迎头痛击，一件是数十斤重的大锤，一件是三四尺长的短槊，锤过处头颅粉碎，槊截处胸脊洞穿，更兼车高临下，容易击人，魏兵招架不住，当然倒退。哪知车阵展开，四面蹂躏，魏兵稍一缓行，即被撞倒，碾入车下，肠破血流。长孙嵩娥清，拨马逃脱，阿薄干迟了一步，马蹶仆地，立被踏死。至此才知车阵厉害。还有晋将军胡藩、刘荣祖等，也来援应超石，追击至数十里外，斩获千计。及魏兵退入平城，才收兵南旋。魏主拓拔嗣听闻败报，始才后悔不用崔浩之言，但已经是来不及了。
惟王镇恶等驻扎潼关，粮食尽而兵嚣，意欲遁还，沈林子拔剑击案道：“今许洛已定，关右将平，奈何自沮锐气，致隳前功！况前锋为全军耳目，前锋一退，后军必靡，怎得成功！”
王镇恶于是派遣使者去报告刘裕，乞即济粮。刘裕本令王镇恶等静待洛阳，与大军齐进，王镇恶等贪利邀功，径趋潼关，已为刘裕所介意，况正与魏人交战，也无暇顾及王镇恶，王镇恶得去使返报，无粮可济，乃自至弘农劝谕百姓，令他赍送义租。百姓应命输粮，军队乃得食，众心方定。
沈林子复击破河北秦军，斩秦将姚洽、姚墨蠡、唐小方，因遣人驰往报告给刘裕说道：“姚绍气盖关中，今一蹶不振，命且垂尽，恐不得膏我铁钺，但姚绍一死关中无人，取长安如反掌了！”
果然不到数日，姚绍愤怒成疾，呕血而死，把军事付与东平公姚赞。姚赞引兵袭击沈林子，为沈林子所料，设伏击退。
既而沈田子、傅弘之得入武关，进屯青泥，秦主姚泓自率步骑数万，往击沈田子。沈田子麾下，本非正兵，但率领游骑千余人，袭破武关，至此闻姚泓亲至，并不畏避，反欲上前迎击。傅弘之以众寡不敌，劝令暂避。
沈田子慨然道：“兵贵用奇，不在用众，且今众寡相悬，势不两立，苦彼结营既固，前来困我，我从何处逃命！不如乘他初至，营阵未立，先往杀入，尚可图功。”说至此，即策马先往。傅弘之亦从后继进，约行数里，便见秦军漫山遍野，徐徐而来。
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沈田子慨然誓众道，“诸君冒险远来，正求今日一战，若幸得战胜，拜将封侯，就在此举了！”士卒踊跃争先，各执短兵临阵，鼓噪齐进。古人说得好，一夫拚命，万夫莫当，况田子有兵千人，一当十，十当百，任他数万秦军，尚不值千人一扫。秦主泓未经劲敌，骤见晋军这般犷悍，正是见所未见，不由的魂驰魄散，易马返奔。主子一走，全军四溃，倒被田子追杀一阵，斩馘万余级，连秦王乘舆法物，也一并夺来。
刘裕到了潼关，正忧虑沈田子的士兵少，亟遣派沈林子带兵数千，自秦岭赴援。到了青泥，秦主已经败去，于是相偕追入。关中郡县多望风迎降。田子陆续报捷，刘裕大喜。
将军王镇恶愿统水军自河入渭，径捣长安，刘裕允令前往。王镇恶行至泾上，正值秦恢武将军姚难，与镇北将军姚强，会师拒战。
王镇恶使毛德祖进击，秦兵皆溃，姚强死难遁。秦主姚泓自屯逍遥园，使姚赞屯守灞东，胡翼度屯守石积，姚不屯渭桥。王镇恶泝渭直上，所乘皆蒙冲小舰，水手俱在舰内，秦人见它行驶如飞，并无水手，统惊为神助。及王镇恶到了渭桥，令军士食毕，各持兵械登岸，落后者斩。
霎时间大众毕登，舰皆随流漂去，不知所向。仿佛是破釜沉舟。王镇恶申谕士卒道：“我辈俱家居江南，今至长安北门，去家万里，舟楫衣粮，统已随水漂没，若进战得胜，功名俱显，否则骸骨不返，无他希望了！愿与诸君努力，一决死生！”
众齐声应命，激响如雷。王镇恶身先士卒，持槊直前，众皆竞进，奋击姚不。丕军大败，向西乱窜。
那冒冒失失的秦主姚泓，方引兵来援，巧值姚丕军队败还，自相践踏，不战即溃。王镇恶追杀过去，乱杀乱剁，如刈草芥。秦镇西将军姚谌，前军将军姚烈，左卫将军姚宝安，散骑常侍王帛，扬威将军姚蚝，尚书右丞孙玄等人，并皆战殁。秦主姚泓单骑（一人一马）还（返回）京都。
王镇恶追入平朔门，姚泓挈妻子奔往石桥。姚赞引众士兵去救姚泓，众士兵皆溃败离去，胡翼度逃走而降从晋军。
晋军驰至石桥，将姚泓包围住，姚泓束手无策，只好送款乞降。姚泓之子佛念，年才十二岁，涕泣对姚泓说道：“陛下今欲降晋，晋人将甘心陛下，终必不免，请自裁决为是！”
姚泓怃然不应。姚佛念遂登到宫墙，一跃而下，当场脑裂身亡。不亚蜀北地王刘谌，尤难得是少年殉国。
姚泓率妻子及群臣，来到王镇恶军营前请降，王镇恶命属吏收管，待刘裕入城处置。城中居民六万余户，由王镇恶出示抚慰，号令严肃，阖城安堵。
越数日，刘裕统领军队进入长安，王镇恶出来迎接在灞上，刘裕面加慰劳道：“成吾霸业，卿为首功！”
王镇恶拜谢道：“这都仗明公威灵，诸将武力，所以一举成功，镇恶有何功足称呢？”
刘裕笑道：“卿亦欲学汉冯异么？”遂与王镇恶并辔入城。嗣闻镇恶盗取库财，不可胜纪，亦置之不问。收秦彝器浑仪、土圭、记里鼓、指南车等，送入京师，其余金帛财宝，悉分给将士。
秦镇东将军平原公姚璞，与并州刺史尹昭，以蒲阪降，抚军将军东平公姚赞，率姚氏子弟百余人，亦来到军门前投诚。刘裕不肯赦免，一律处斩，且押送姚泓入京都，戮诸市曹，年才三十。有诗叹道：
嗣祚关中仅二年，东师一入即颠连。
河山破碎头颅陨，弱主由来少瓦全。 刘裕既灭秦，再索逃犯司马休之等人。究竟捕获与否，容至下节再叙。