巴西玛瑙斯的晨曦穿透亚马逊雨林的层层枝叶，在地面投下斑驳的光影。赤井秀一带领的FBI小队与安室透的公安团队在此汇合，临时营地搭建在雨林边缘的原住民村落旁，队员们正忙着检查雨林装备——防刺服、防毒面罩、卫星通讯器，还有针对雨林环境改造的防水武器。
“根据石川佑介交代的坐标，备份基地位于雨林深处的乌卡亚利河畔，距离这里约六十公里。”安室透铺开手绘的雨林路线图，上面标注着河流、沼泽等关键地形，“本土传来的卫星影像显示，基地外围被茂密的红树林环绕，还有人工挖掘的护城河，防御比预想的更严密。”赤井秀一点头，将一把改装过的狙击枪背在身后：“我们分两队进发，一队沿河岸潜行，二队穿过红树林迂回，在基地西北侧的空地汇合。”
米花市情报中心内，沈慕正通过卫星通讯实时监控南美小队的动向。屏幕上，亚马逊雨林的热成像图清晰显示着小队的行进轨迹，柯南趴在桌前，整理着石川佑介交代的基地防御细节：“基地内部有心理控制瓦斯释放装置，还有大量武装守卫，核心实验室在地下二层，朗姆很可能就在那里统筹研发。”
系统突然触发“危险环境心理预警”功能，屏幕上弹出红色提示：“检测到基地周边有组织残余势力的活动信号，其行动特征符合‘警戒巡逻’，且带有‘玉石俱焚’的极端心理倾向。”沈慕立刻通过加密通讯器警示前方小队：“注意周边动静，组织可能在基地外围设置了巡逻队，且成员大概率携带爆炸装置，避免正面冲突。”
南美雨林中，赤井秀一带领的一队正沿乌卡亚利河畔前行。湿热的空气让队员们的防寒服都被汗水浸透，脚下的淤泥深达脚踝，每一步都格外艰难。突然，一名队员举手示意：“前方五十米处有动静，热成像显示有三名携带武器的人员在巡逻。”赤井秀一示意队员隐蔽在河岸的灌木丛后，通过望远镜观察——三名组织成员穿着迷彩服，腰间挂着炸药包，正沿着河岸缓慢巡逻。
“按计划绕开，不要打草惊蛇。”赤井秀一低声下令，带领队员沿着河岸的浅水区悄悄移动。浅水区的水流声掩盖了脚步声，三人巡逻队并未察觉，继续朝着相反方向走去。与此同时，安室透带领的二队在穿过红树林时遭遇了麻烦，红树林的气生根缠绕交错，形成天然的障碍，一名队员不小心踩断树枝，惊动了树上的毒蛇，幸好反应迅速才避开咬伤。
“这片红树林是天然的防御屏障，组织肯定在这里设置了陷阱。”安室透让队员停下脚步，拿出金属探测器排查。果然，探测器在多处树根下发出警报，挖开后发现是带有触发式装置的地雷。“这些地雷的引线连接着基地的警报系统，一旦触发，我们的位置就会暴露。”安室透让技术人员拆解地雷，同时调整路线，沿着探测器显示的安全区域缓慢推进。
米花市这边，本土的收尾工作也进入最后阶段。警方对乌丸财团在米花市的残余产业进行了全面清查，查封了多家空壳公司，冻结了所有关联账户。心理干预团队完成了最后一批试验者的辅导，被解救的孩子们都已重新回到学校上课。沈慕将本土收尾报告整理完毕，同步给南美小队：“本土已无后顾之忧，你们可以全力专注于基地突袭任务。”
午后时分，南美两队终于在基地西北侧的空地汇合。队员们来不及休息，立刻开始侦查基地外围情况。通过无人机传回的画面，基地的轮廓清晰可见：高大的围墙环绕四周，围墙顶部装有电网，大门处有两名武装守卫站岗，围墙内侧每隔五十米就有一个了望塔。“大门是唯一的入口，且装有电磁感应门，需要密码才能打开。”安室透分析着画面，“不过围墙西侧的红树林与围墙之间有一处空隙，可以作为潜入点。”
沈慕通过系统对守卫的行为进行侧写：“守卫每小时轮换一次岗，换岗间隙有两分钟的警戒空白期，且西侧了望塔的守卫有频繁低头看手机的习惯，警惕性较低。”他将侧写结果同步给前方：“建议在换岗间隙，从西侧空隙潜入，先控制了望塔的守卫，再破解大门密码，接应后续队员进入。”
傍晚时分，换岗时间终于到来。赤井秀一带领两名队员，趁着守卫换岗的空白期，快速穿过红树林与围墙的空隙，潜入基地外围。了望塔的守卫果然在低头刷手机，赤井秀一纵身跃起，捂住守卫的口鼻，将其快速制服。安室透带领技术人员随后赶到，开始破解大门的电磁感应密码。
就在密码即将破解成功时，系统突然发出强烈预警：“检测到基地内部的加密通讯频率异动，朗姆正在向全球残余势力发送指令，内容疑似‘启动最终反击计划，销毁所有研发数据，必要时引爆基地’！”沈慕的声音带着急促的电流声从通讯器传来：“加快破解速度！朗姆要孤注一掷了！”
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技术人员加快了操作速度，终于在通讯结束前破解了密码。大门缓缓打开，队员们迅速冲进基地内部。基地内的组织成员已察觉到异常，纷纷拿起武器冲了出来，双方在基地的广场上展开激烈交火。子弹打在墙壁上，溅起细碎的水泥渣，队员们依靠建筑的掩护，与组织成员周旋。
“核心实验室在地下二层，必须尽快控制那里，阻止朗姆销毁数据！”赤井秀一一边射击，一边朝着基地主楼冲去。安室透带领部分队员留在广场牵制组织成员，掩护赤井秀一的小队深入。沈慕通过卫星通讯实时标注基地内部的陷阱位置：“主楼走廊的第三个拐角有红外陷阱，楼梯间有心理控制瓦斯释放口，注意避开！”
赤井秀一的小队按照沈慕的提示，成功避开陷阱，抵达地下二层的核心实验室门口。实验室的大门是特制的合金门，需要生物识别才能打开。“正在破解生物识别系统，需要三分钟！”技术人员快速操作着设备，实验室内部传来朗姆的声音：“没用的，就算你们进来，也只能看到一片废墟。永生药剂的核心数据，我会亲自带走！”
米花市情报中心内，柯南突然发现屏幕上的基地热成像图有异常：“地下二层有一处区域的温度在快速升高，像是有大量设备在运转！”沈慕的系统立刻分析：“是数据销毁设备的运转温度！朗姆正在销毁核心数据，必须尽快阻止他！”他立刻提醒前方：“可以使用破拆工具强行打开合金门，技术人员继续破解，双管齐下！”
队员们立刻拿出破拆工具，开始强行撬门。合金门发出刺耳的金属摩擦声，终于在两分钟后被撬开一条缝隙。赤井秀一带领队员冲进实验室，看到朗姆正站在数据销毁设备前，手中拿着一个加密硬盘。“想阻止我？太晚了！”朗姆看到队员们进来，嘴角露出冷笑，按下了手中的按钮，实验室的灯光瞬间熄灭，应急灯发出微弱的红光。
“启动夜视模式！”赤井秀一下令，队员们立刻打开武器上的夜视仪。黑暗中，朗姆的身影快速朝着实验室的紧急出口移动。赤井秀一紧追不舍，两人在黑暗中展开格斗。朗姆的拐杖再次弹出枪管，朝着赤井秀一射击，赤井秀一灵活避开，子弹打在数据销毁设备上，设备发出一阵电火花后停止了运转。
就在赤井秀一即将抓住朗姆时，实验室突然传来剧烈的震动，基地的自毁程序被启动了。屏幕上显示倒计时十分钟。沈慕的声音从通讯器传来：“紧急出口连接着基地外围的河流，快从那里撤离！”赤井秀一放弃追击，带领队员朝着紧急出口跑去。朗姆则趁乱消失在黑暗中。
队员们成功撤离基地后，基地发生了剧烈的爆炸，火光冲天，照亮了整个雨林。赤井秀一和安室透站在安全区域，看着爆炸的基地，通讯器里传来沈慕的声音：“虽然让朗姆逃脱了，但数据销毁设备已被破坏，我们成功保留了部分核心数据。第三卷的任务已全部完成，第四卷的终极追缉，正式启动。”
月光透过雨林的枝叶洒在队员们身上，虽然疲惫，但每个人的眼中都闪烁着坚定的光芒。第三卷的帷幕在亚马逊雨林的爆炸声中正式落下，而一场针对朗姆的全球终极追缉，已在夜色中拉开了第四卷的序幕。