太平洋的夕阳渐渐沉入海面，余晖为“远航号”货轮的船体镀上一层金色光晕。执法船围绕货轮形成严密包围圈，探照灯的光束穿透暮色，照亮货轮的每一处角落。赤井秀一率先带领突击小队登船，着手开展全面清查工作，安室透则在执法船上统筹协调，确保清查过程无任何疏漏。
“所有队员注意，清查需分区域推进，重点排查三号货舱及动力舱周边，同时留意是否有隐藏密室或暗格。”赤井秀一通过加密通讯器下达指令，队员们迅速分成三组，携带探测设备对货轮各区域展开细致搜查。三号货舱内，被制服的组织成员已被押解至甲板，特制容器中的深海矿石完好无损，沈慕通过实时画面仔细观察：“矿石容器的锁具完好，没有被撬动的痕迹，组织还未来得及转移核心物资。”
柯南登上货轮后，直奔驾驶室与卧底人员对接：“组织成员在加强戒备前，有没有异常举动？比如转移人员或传递特殊指令。”卧底回忆道：“有两名成员在驾驶室后方的储物间停留过，神色慌张，我试图靠近时，他们已经离开，储物间的门是锁着的。”柯南立刻带领队员前往储物间，用工具撬开房门，发现地面有新鲜的拖拽痕迹，墙角还残留着少量组织特制的麻醉剂气味。
沈慕的系统随即启动“痕迹溯源分析”功能：“拖拽痕迹的宽度与长度，符合成年人被转移的特征；麻醉剂气味浓度较高，推测转移行为发生在两小时内，也就是我们发起拦截前。”他结合货轮航线与组织护航船队的动向，得出结论：“乌丸莲耶大概率已被提前转移，这两名成员的任务就是护送他乘坐小型救生艇撤离，与护航船队的快艇汇合。”
赤井秀一立刻安排队员对货轮周边海域展开搜索：“派出四艘快艇，以‘远航号’为中心，向四周辐射排查，重点关注小型救生艇的痕迹。”同时联系国际刑警海上支援部队：“请求护卫舰扩大搜索范围，拦截所有从‘远航号’附近海域驶出的小型船只，务必找到乌丸莲耶的踪迹。”
米花市情报中心内，技术团队正在解析从货轮上查获的加密设备。灰原哀发现一台便携式通讯器中，残留着一段未发送成功的加密信息，经过破解，内容为“主已转移至预定接应点，等待后续指令”。“预定接应点大概率是组织在太平洋上的隐秘补给船。”灰原哀将信息同步给沈慕，“根据通讯器的信号频率，可定位到接应点的大致范围。”
沈慕立刻将定位范围同步给搜索小队，同时启动系统“组织应急转移心理模拟”功能：“乌丸莲耶极度恐惧死亡，被转移后会急于前往最终安全点，且会要求接应船只全速撤离。结合组织补给船的航行速度，预计四小时内会抵达南美沿岸的隐秘码头。”他建议国际刑警协调南美警方，提前在码头周边布控：“这是拦截乌丸莲耶的最后机会，绝不能让他逃脱。”
货轮的清查工作仍在持续，爆破小队在动力舱的夹层中，发现了一个隐藏的加密数据盒。技术人员现场破解后，从中获取了组织“最终安全点的防御部署图”与“全球剩余潜伏成员的联络名单”。“这些名单中，有部分成员潜伏在各国政府机构与科研单位。”沈慕看着名单，语气凝重，“第三卷的收尾工作还未结束，我们必须在第四卷决战前，清理这些潜伏势力，避免他们干扰终极对决。”
安室透立刻联系公安与国际刑警，启动潜伏成员清查计划：“根据名单上的身份信息，同步开展跨国协查，对重点人员实施监控，在合适的时机进行抓捕。”他补充道：“部分潜伏成员掌握着各国的核心机密，抓捕过程必须隐秘，避免引发外交纠纷。”
夜间，货轮周边海域的搜索工作取得突破。一艘快艇发现了一艘废弃的小型救生艇，艇内残留着乌丸莲耶常用的抗衰老药物痕迹，还有一枚刻有“乌丸”标识的徽章。“救生艇的发动机有故障，推测是转移过程中出现故障，乌丸莲耶已被护航船队的快艇接走。”搜索小队汇报情况，“我们在救生艇周边发现了护航船队快艇的螺旋桨痕迹，方向指向南美沿岸。”
沈慕结合最新线索，调整搜索部署：“护卫舰全力追击护航船队的快艇轨迹；南美警方加强隐秘码头的布控，同时排查周边的废弃仓库与据点；货轮上的清查工作继续，务必确保没有遗漏的组织成员与危险物品。”此时，国际刑警传来消息：“已锁定组织的隐秘补给船位置，正朝着南美沿岸行驶，船上有大约20名组织成员，携带重型武器。”
灰原哀带领技术团队，根据货轮上查获的防御部署图，分析出组织最终安全点的防御弱点：“安全点的通风系统是薄弱环节，可通过通风管道投放麻醉气体，降低正面冲突的伤亡；同时，其电力系统依赖外部补给，切断供电后，防御设施会失效30分钟，这是突破的最佳时机。”她将分析报告同步给各方，为第四卷的终极决战提供战术支撑。
柯南在货轮的三号货舱内，发现了组织遗留的“永生药剂”试验样本。他将样本交给灰原哀：“这些样本或许能帮助你进一步完善解药，同时也能让我们了解组织的研发进度。”灰原哀点头：“我会连夜对样本进行分析，尽快拿出针对性的应对方案，避免‘永生药剂’在决战中被使用。”
凌晨时分，货轮的全面清查工作正式结束，共抓获组织残余成员12名，缴获重型武器30余件、加密设备15台，深海矿石与试验设备全部封存。潜伏成员的清查工作也取得初步进展，已有5名潜伏在科研单位的成员被成功抓获，未引发任何不良影响。
FBI安全屋内，多方势力召开第三卷收尾暨第四卷决战筹备最终会议。大屏幕上，清晰呈现着当前的局势：乌丸莲耶被围困在南美沿岸的隐秘码头，组织补给船被护卫舰追击，全球潜伏成员逐步被清理，终极决战的各项准备工作已基本就绪。
“第三卷的核心任务，是锁定乌丸莲耶的踪迹、掌握组织的核心计划与防御部署、肃清外围势力，这些目标已基本达成。”沈慕站在屏幕前，语气坚定，“第四卷的终极决战，我们将集中所有力量，对组织的最终安全点与隐秘码头发起总攻，彻底抓获乌丸莲耶，摧毁组织的最后根基。”
赤井秀一公布第四卷决战的战术分工：“FBI负责正面突破隐秘码头的防御；公安与国际刑警负责拦截组织补给船，切断乌丸莲耶的退路；沈慕与柯南负责统筹指挥，利用系统与情报优势，实时调整战术；灰原哀负责药物支援，应对组织可能使用的‘永生药剂’与APTX4869衍生物。”
会议结束时，天边已泛起鱼肚白。沈慕、柯南、赤井秀一、安室透站在窗边，望着初升的朝阳。货轮上的灯光与朝阳的光芒交相辉映，海面上的风浪渐渐平息。“第三卷的征程，在这场紧张的清查与追踪中落下帷幕。”柯南轻声说道，手中的侦探徽章闪烁着微光。
沈慕望着远方的海平面，眼中透着必胜的坚定：“所有的铺垫都已完成，所有的隐患都已排查。第四卷，我们将迎着朝阳出发，终结这场跨越全球的正义之战，守护我们珍视的安宁。”第三卷的帷幕在朝阳的光辉中正式落下，一场彻底摧毁黑衣组织的终极对决，已箭在弦上，即将在第四卷拉开序幕。